Skupština CANU je najviši organ upravljanja Akademije. Skupštinu čine njeni redovni i vanredni članovi (radni sastav Akademije). Skupštinu saziva predsjednik Akademije na osnovu odluke Predsjedništva Akademije, na zahtjev najmanje dva odjeljenja, ili najmanje deset članova radnog sastava Akademije.
Inostrani članovi CANU imaju pravo da učestvuju u radu Skupštine bez prava odlučivanja. Skupština Akademije se saziva najmanje jednom godišnje.