U skladu sa Zakonom o Crnogorskoj akademiji nauka i umjetnosti, djelatnosti Akademije i njene aktivnosti se ostvarujuu okviru odjeljenja, odbora, instituta, centara i drugih organizacionih jedinica u njenom sastavu.

Odjeljenja su osnovni nosioci naučnog i umjetničkog rada Akademije i bave pitanjima iz oblasti za koje su organizovana: 

• razmatraju i raspravljaju pitanja iz oblasti nauka i umjetnosti za koje su obrazovana;

• predlažu programe rada Akademije iz djelokruga svojih aktivnosti;

• pripremaju predloge za određivanje iznosa sredsrava za finansiranje projekata Akademije i drugih naučnih i umjetničkih djelatnosti;

• predlažu Predsjedništvu organizovanje predavanja, izložbi i drugih vidova unapređivanja naučnog i umjetničkog djelovanja;

• razmatraju predloge kandidata za nove članove odjeljenja,

• određuje referente za pisanje referata i predlažu Skupštini kandidate za izbor;

• predlažu kandidata za predsjednika CANU;

• predlažu obrazovanje odbora i drugih radnih tijela Akademije;

U radu odjeljenja Akademije učestvuju članovi iz radnog sastava Akademije. Inostrani članovi Akademije učestvuju u radu odjeljenja saglasno svom naučnom  ili umjetničkom usmjerenju.

Član odjeljenja može učestvovati i u radu drugog odjeljenja, bez prava odlučivanja.

U Crnogorskoj akademiji nauka i umjetnosti formirana su četiri odjeljenja:

-          Odjeljenje prirodnih nauka,
-          Odjeljenje društvenih nauka,
-          Odjeljenje humanističkih nauka,
-          Odjeljenje umjetnosti