U skladu sa Zakonom o Crnogorskoj akademiji nauka i umjetnosti, djelatnosti Akademije i njene aktivnosti se ostvarujuu okviru odjeljenja, odbora, instituta, centara i drugih organizacionih jedinica u njenom sastavu.
Odjeljenja su osnovni nosioci naučnog i umjetničkog rada Akademije i bave pitanjima iz oblasti za koje su organizovana:
razmatraju i raspravljaju pitanja iz oblasti nauka i umjetnosti za koje su obrazovana;
predlažu programe rada Akademije iz djelokruga svojih aktivnosti;
pripremaju predloge za određivanje iznosa sredsrava za finansiranje projekata Akademije i drugih naučnih i umjetničkih djelatnosti;
predlažu Predsjedništvu organizovanje predavanja, izložbi i drugih vidova unapređivanja naučnog i umjetničkog djelovanja;
razmatraju predloge kandidata za nove članove odjeljenja,
određuje referente za pisanje referata i predlažu Skupštini kandidate za izbor;
predlažu kandidata za predsjednika CANU;
predlažu obrazovanje odbora i drugih radnih tijela Akademije;
U radu odjeljenja Akademije učestvuju članovi iz radnog sastava Akademije. Inostrani članovi Akademije učestvuju u radu odjeljenja saglasno svom naučnom ili umjetničkom usmjerenju.
Član odjeljenja može učestvovati i u radu drugog odjeljenja, bez prava odlučivanja.
U Crnogorskoj akademiji nauka i umjetnosti formirana su četiri odjeljenja:
- Odjeljenje prirodnih nauka,
- Odjeljenje društvenih nauka,
- Odjeljenje humanističkih nauka,
- Odjeljenje umjetnosti